За разлика од класичните системи за третман на отпадна вода, каде што квалитетот на ефлуентот во голема мера зависи од способноста на активната мил да се наталожи на дното од реакторот, мембранските био реактори овозможуваат супериорен третман со помош на мембрани кои на површината имаат голем број на пори и истите ја филтрираат пречистената вода. Мемебранските биореактори овозможуваат ниски вредности на БПК5 и ХПК .

За разлика од класичните системи, МБР системите работат со неколку пати поголеми концентрации на актвина мил. Квалитетот на ефлуентот не зависи од таложењето на актвината мил.Мембранксите биореактори зафаќаат помал простор од СБР системите. Модуларниот дизајн на мембранскиот биореактор овозможува лесно надградување на капацитетот на пречистителната станица.

Предноста во користењето на МБР е во високиот процент на намалување на органските полутанти, висок квалитет на пречистена отпадна вода,помали димензии и можност за третман на води со високо органско оптоварување. МБР технологијата се користи во третман на отпадни води од прехранбената индустрија, индустријата за хартија и водите од текстилна индустрија, каде што водата може повторно да се користи како процесна вода. Во хемиската и фармацевтската индустрија,поради лошите својства на таложењето на активната мил, МБР системите се почесто се користат.