Биолошкиот шаржен реактор (СБР) во последните две декади е широко употребуван технолошки процес низ САД и Европа.Една од главните пречки за шаржните реактори беше прецизната автоматска контрола на процесот во која има неколку фази.Развојот на логичните програмабилни контролери (PLC) овозможи квалитетно управување со шаржните реактори.Целиот процес се одвива во биолошки реактори каде отпадната вода се дозира во неколку шаржи.Пречистувањето на отпадната вода се одвива со помош на временско определени операции каде во еден реактор се одвиваат процесите на полнење,реакција(аерација),таложење,исфралање на пречистената вода и по потреба на вишокот на активна мил.

Чекор 1: Полнење

За време на фазата на полнење,отпадна вода се префрла во шаржниот реактор.За да контролира соодносот на храната со микроорганизми,отпадната вода се дозира на контролиран начин.Овој метод работи слично на еден вид  биолошки селектор,каде се цели раст на одредени типови на микроорганизми.

Чекор 2: Реакција

Во фазата на реакција се намалува вредноста на БПК5 од страна на микроорганизмите кои ги користата органските материи како храна и развој на нова биомаса.Временски должината на реакцијата зависи од резултатите кои треба да се постигнат и масата на активната мил во реакторот.Времетрањето на аерацијата зависи од карактеристиките на отпадната вода која се третира.

Чекор 3: Таложење

За време на таложењето, аерацијата е надвор од функција,каде пречистената вода останува во горниот слој додека активната мил се таложи на дното од реакторот.Таложењето зависи од дизајнот,процесот и времето кое може да изнесува од 45 до 60 минути.

Чекор 4: Декантација

Супернатантот со помош на декантер се е исфрла од биолошкиот реактор.

Чекор 5: Исфрлање на вишок на мил од системот

Вишокот на активна мил која се појавува за време на третирањето на отпадната вода периодично се исфрла од шаржниот реактор.Како кај сите процеси кои функционираат со активна мил,исфрлањето на вишокот на мил е основа за добивање на квалитетен ефлуент и посакувана количина на активна мил во еден систем.